文献目录
1 （Nat Metab）生酮饮食通过赖氨酸β-羟基丁酰化重塑癌症代谢
2 （Nat Aging）蛋白组学揭示感染如何影响大脑萎缩与认知衰退
3 （Nat Aging）人类衰老过程中的多组学非线性动态变化
4 （Nat Comm）使用Orbitrap Astral质谱仪进行快速而深度的磷酸化蛋白质组分析
5 （Nat Comm）猴痘病毒感染的多组学特征分析
6 （Nat Protoc）nPOP：多重单细胞蛋白质组学的大规模并行样品制备
7 （Allergy）重度哮喘中微生物与免疫相互作用的多维分析
8 （Compr Rev Food Sci Food Saf）葡萄栽培与酿酒中的农药管理与技术进展
一起来看看上周的蛋白质组学精选优质文献吧！
1.（Nat Metab，IF：18.9）生酮饮食通过赖氨酸β-羟基丁酰化重塑癌症代谢
8月12日，华中科技大学薛宇、四川大学贾大团队在 Nature Metabolism 发文，探讨了生酮饮食通过赖氨酸β-羟基丁酰化（Kbhb）重塑癌细胞代谢，抑制癌细胞增殖的机制。
通过蛋白质组学在内的多组学分析，研究团队发现ALDOB Lys108bhb在抑制mTOR信号通路和癌细胞增殖中起关键作用。研究还开发了pFunK算法用于预测功能性赖氨酸修饰位点，为理解生酮饮食在癌症治疗中的作用以及研究蛋白质翻译后修饰功能提供了新的工具。
实验设计
2.（Nat Aging，IF：17）蛋白组学揭示感染如何影响大脑萎缩与认知衰退
8月15日，美国国家老龄化研究所（National Institute on Aging）行为神经科学实验室的 Keenan A. Walker 团队同芬兰赫尔辛基大学的 Mika Kivimäki 团队在 Nature Aging 发文。通过大规模蛋白质组学分析和多队列研究，探讨了感染如何影响大脑萎缩与认知衰退，从而揭示了可能导致神经退行性疾病的免疫学驱动因素。
文章探讨了感染后（包括流感、病毒、呼吸道、皮肤和皮下感染）候选蛋白与认知衰退、痴呆相关生物标志物和脑萎缩等神经退行性疾病之间的关系。研究分析了1,233名BLSA（巴尔的摩老龄化纵向研究）参与者，发现10种感染后减少的保护性蛋白（protective proteins）与语言记忆能力的保持有关，而4种致病性蛋白与认知能力下降相关。在ARIC（社区动脉粥样硬化风险）研究中，4种保护性蛋白在痴呆患者中的水平显著降低。此外，研究还利用deCODE研究中的pQTLs数据，确定了与脑体积变化相关的10种候选蛋白。蛋白质互作及通路分析显示，这些候选蛋白与病原体相关信号通路紧密相关，部分蛋白质在AD大脑中差异性表达，并且已有药物能够调控这些蛋白质，提示其在神经退行性疾病治疗中的应用前景。
3.（Nat Aging，IF：17）人类衰老过程中的多组学非线性动态变化
8月14日，斯坦福大学医学院遗传学系的研究团队在 Nature Aging 发文，揭示了人类在44岁和60岁经历显著的非线性衰老变化。
文章通过对108名年龄在25至75岁之间的参与者进行纵向多组学分析（包括转录组、蛋白质组、代谢组等），揭示了人类衰老过程中分子和功能路径的非线性变化，特别是在44岁和60岁左右出现的显著分子失调。这些变化涉及免疫调控、碳水化合物代谢、心血管疾病、脂质及酒精代谢等功能通路。这些发现为理解衰老的复杂性和与之相关的疾病风险提供了新视角，并可能推动早期诊断和预防策略的发展。
4.（Nat Comm，IF: 14.7）使用Orbitrap Astral质谱仪进行快速而深度的磷酸化蛋白质组分析
8月15日，威斯康星大学的研究人员在 Nature Communications 发文，描述了使用新型质谱仪 Orbitrap Astral 结合数据非依赖性采集（DIA）来实现对人类和小鼠磷酸化蛋白质组的快速深入分析。
Orbitrap Astral + DIA的组合在短时间内绘制了大量磷酸化位点，包括30,000个人类和81,120个小鼠磷酸化位点，生成了目前最全面的小鼠磷酸化组图谱。研究验证了该技术的优越性能，并揭示了线粒体和大脑中的重要磷酸化事件，展示了其在磷酸化组分析中的广泛应用潜力。
5.（Nat Comm，IF: 14.7）猴痘病毒感染的多组学特征分析
8月8日，慕尼黑工业大学医学院病毒学研究所的研究人员在 Nature Communications 发文，对感染了猴痘病毒（MPXV）的原代人类成纤维细胞（primary human fibroblasts）进行了多组学分析，揭示了病毒与宿主的相互作用。
文章通过转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白组学的多组学分析，研究了猴痘病毒（MPXV）感染的人类细胞。通过这些多组学数据，研究人员解析了病毒感染过程中宿主和病毒蛋白的表达动态及其磷酸化模式，揭示了重要的信号通路受扰动的情况，并通过药物筛选验证了这些信号通路在抗病毒治疗中的潜力。这些成果为理解痘病毒的病理生物学和开发抗病毒治疗方案提供了重要的理论基础。
MPXV感染的原代人类包皮成纤维细胞的多组学分析
6.（Nat Protoc，IF: 13.1）nPOP：多重单细胞蛋白质组学的大规模并行样品制备
8月8日，美国东北大学的研究团队在 Nature Protocol 发表 Protocol，介绍了一种名为nPOP（nano-proteomic sample preparation）的高通量单细胞蛋白质组学样品准备方法。
nPOP通过在玻璃片上并行处理数千单细胞，显著提高了样品制备效率。结合plexDIA和同位素标记质谱技术，nPOP实现了对3000至3700种蛋白质的精确定量，并能以超过1000个单细胞/天的速度进行分析。该方法通过CellenONE机器人自动化操作，并配备QuantQC软件支持质量控制，具有广泛的应用前景。
7.（Allergy，IF: 12.6）重度哮喘中微生物与免疫相互作用的多维分析
8月11日，牛津约翰·拉德克利夫医院的研究人员在 Allergy 发文，通过物种水平的多组学分析，揭示了重度哮喘患者气道中的微生物与免疫反应之间的关系。
文章通过纳米孔测序技术（Nanopore）对重度哮喘患者的气道微生物组进行物种水平的宏基因组分析，结合蛋白质组学数据，发现流感嗜血杆菌等病原菌在部分患者中占主导地位，并与中性粒细胞性哮喘和1型细胞因子反应相关。研究揭示了这些致病菌与哮喘相关炎症之间的密切关系，提出病原体主导的微生物组可能是重度哮喘的一种可治疗特征，为个性化治疗提供了新思路。
8.（Compr Rev Food Sci Food Saf，IF:12）葡萄栽培与酿酒中的农药管理与技术进展
8月8日，意大利博尔扎诺自由大学的研究人员在 Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety 发表了 Comprehensive Reviews，综述了葡萄栽培和葡萄酒酿造中的农药使用及其影响。
文章探讨了合成农药的替代品和检测方法，并分析了酿酒过程中农药的消散和对酵母的影响。通过蛋白质组学和基因组学分析，文章研究了农药对酵母生长的影响，并介绍了减少农药残留的创新技术和未来减少有害农药使用的展望，旨在提高葡萄酒的质量和安全性。
