文献目录
1 （Cell）二甲双胍延缓雄性灵长类动物多组织衰老并改善脑功能
2 （Nat Genet）多组学与生物标志物助力疾病预测和基因关联发现
3 （Cancer Discov）TREM2表达的多核巨细胞在头颈部鳞状细胞癌中的预后价值
4 （Mol Cancer）胃癌抗PD-1/PD-L1联合抗血管生成疗法的耐药机制
5 （Am J Respir Crit Care Med）基于蛋白质组学的呼吸系统易感性评分
6 （Nat Metab）长期耐力运动对超重肥胖成人腹部皮下脂肪的影响
7 （Adv Sci (Weinh)）分子分析揭示滑膜肉瘤的三种亚型
8 （Nat Comm）创伤后深静脉血栓患者血浆代谢和蛋白质组综合图谱
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1.（Cell，IF：45.5）二甲双胍延缓雄性灵长类动物多组织衰老并改善脑功能
9月12日，中国科学院动物研究所刘光慧/曲静研究员，联合中国科学院北京基因组研究所张维绮研究员团队，共同在 Cell 发文，研究了二甲双胍（Metformin）在雄性食蟹猴中延缓衰老进程的作用，特别是在脑萎缩和认知功能方面
研究在40个月内评估了二甲双胍对雄性食蟹猴的抗衰老效果，发现其显著延缓了衰老进程，尤其是在大脑中表现为相当于减缓6年的衰老速度。
通过转录组、DNA甲基化组、蛋白质组和代谢组等多组学分析，研究发现二甲双胍在多个组织中减缓衰老，并通过激活抗氧化转录因子Nrf2，延缓神经系统衰老，保护大脑结构并提升认知功能。这为人类衰老干预的药物开发提供了重要依据。
2.（Nat Genet，IF：31.7）多组学与生物标志物助力疾病预测和基因关联发现
9月11日，英国的研究团队在 Nature Genetics 发表文章，提出了一种名为 MILTON 的机器学习框架，结合多组学和生物标志物，预测 UK Biobank 中3,213种疾病的发生。
通过分析来自48.4万基因组测序样本及4.6万血浆蛋白质组学数据，MILTON 成功预测了尚未确诊的疾病病例，并在基因-疾病关联分析中发现了182个新的基因-疾病关联。
与传统的多基因风险评分（PRS）相比，MILTON在多数疾病中表现更佳，尤其在52种疾病中，整合蛋白质组数据后预测准确性（AUC）提升了0.1以上。
3.（Cancer Discov，IF：29.7）TREM2表达的多核巨细胞在头颈部鳞状细胞癌中的预后价值
9月16日，新加坡科技研究局下属的免疫学信息网研究团队在 Cancer Discovery 发文，研究了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者肿瘤中的多核巨细胞（MGC）的预后价值。
研究发现，MGC的密度与患者的总生存期（OS）和无进展生存期（PFI）显著相关，特别是在未接受治疗和接受术前化疗的患者中。通过分析TCGA（110例患者）和GR（284例患者）数据，论文验证了MGC密度与较长OS和PFI的关联。
此外，研究开发了一种深度学习模型，用于自动化量化MGC密度，效率高于传统的手动评估。空间转录组学和蛋白组学分析显示，MGC与CD4 T中枢记忆T细胞和TREM2高表达的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在角质丰富的肿瘤区域内共定位，提示角质可能促进了TREM2高表达的TAM的积累，进而形成抗肿瘤的MGC。
这些发现表明，MGC可以作为HNSCC的预后标志物，帮助优化临床管理和治疗决策。
4.（Mol Cancer，IF: 27.7）胃癌抗PD-1/PD-L1联合抗血管生成疗法的耐药机制
9月13日，法国贝尔戈尼研究所的研究团队和合作者在 Molecular Cancer 发文，研究了抗PD-1/PD-L1联合抗血管生成疗法在晚期胃癌（AGC）中的耐药机制，通过空间转录组学和血浆蛋白组学分析揭示了关键特征。
REGOMUNE II 期临床试验显示，regorafenib 与 avelumab 的联合治疗在19%的患者中取得了深度且持久的响应，但许多患者未获显著疗效。分析发现，耐药患者的肿瘤微环境中M2型巨噬细胞显著增多，S100A10蛋白在肿瘤细胞中的过表达也与耐药相关。
血浆蛋白组学结果显示，血浆中CSF-1、IL-4、IL-8和TWEAK等细胞因子的升高与不良预后相关。这些数据表明，巨噬细胞的免疫抑制作用以及S100A10的过表达是影响治疗效果的关键因素，为克服耐药提供了重要线索。
5.（Am J Respir Crit Care Med，IF: 19.3）基于蛋白质组学的呼吸系统易感性评分
8月1日，范德比尔特大学的研究团队在 American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 发表研究，开发了一种基于蛋白质组学的呼吸系统易感性评分，用于预测未来呼吸系统疾病和死亡风险。
通过分析CARDIA队列中的长期肺功能数据（FEV1百分比预测值），研究团队识别了与加速肺功能下降轨迹相关的 protein aptamers，并据此建立了易感性评分。
该评分在 UK Biobank 和 COPDGene 队列中的应用结果显示，高易感性评分与全因死亡率、呼吸系统死亡率、COPD发生、呼吸系统急性加重发作以及需住院的急性加重发作显著相关。
研究表明，这一基于蛋白质组学的易感性评分能够识别出呼吸系统死亡、COPD发病及呼吸系统急性加重的高风险个体，具有在无需长时间肺功能测量的情况下进行早期肺病检测的潜力。
6.（Nat Metab，IF: 18.9）长期耐力运动对超重肥胖成人腹部皮下脂肪的影响
9月10日，密歇根大学的研究团队在 Nature Metabolism 发表文章，结合蛋白质组学分析，探讨了长期耐力运动对超重或肥胖成人腹部皮下脂肪组织（aSAT）的影响。
研究发现，长期运动显著改善aSAT的结构和功能，包括提高毛细血管密度、减少纤维化、降低巨噬细胞含量、增加线粒体密度和增强脂质储存能力。
蛋白质组学分析揭示，运动改变了aSAT中的蛋白质表达谱，涉及脂质生成、蛋白质翻译和线粒体功能等重要过程。
研究表明，定期锻炼有助于重塑aSAT的结构和蛋白质组学特征，从而有助于维持心脏代谢健康。
7.（Adv Sci (Weinh)，IF: 15.8）分子分析揭示滑膜肉瘤的三种亚型
9月10日，瑞典卡罗林斯卡学院、中国医科大学附属第四医院、哥伦比亚大学欧文医学中心的研究人员在 Advanced Science 联合发文，通过分子分析揭示了滑膜肉瘤（Synovial Sarcoma, SS）的三种亚型，并提供了对其生物学和基因多样性的深入了解。
研究通过对55名患者的91个滑膜肉瘤样本进行RNA和靶向DNA测序，并结合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，发现滑膜肉瘤可分为三种亚型：
亚型I具有高增殖性和免疫逃逸，预后较差；亚型II以血管-基质成分为主，预后显著较好；亚型III具有双相分化和基因组复杂性，尽管对新辅助治疗反应良好，预后仍较差。
此外，研究发现染色体异常是转移的独立风险因素，KRT8 被确定为双相肿瘤中上皮分化的关键蛋白。这些结果为滑膜肉瘤的分型和个性化治疗提供了新依据。
8.（Nat Comm，IF:14.7）创伤后深静脉血栓患者血浆代谢和蛋白质组综合图谱
9月7日，西安交通大学生命科学与技术学院郭燕教授团队在 Nature Communications 发文，通过整合代谢组学和蛋白质组学数据，研究了创伤后深静脉血栓（pt-DVT）患者的代谢和血液学特征。
在对680名创伤患者的分析中，研究人员确定了与pt-DVT相关的28种代谢物和2个临床参数簇，并通过机器学习算法构建了包含9种代谢物的预测模型，能够高效区分pt-DVT患者。
通过进一步联合蛋白质组学分析，研究人员鉴定出了214个pt-DVT相关蛋白，发现糖酵解/糖异生-TCA循环的上调可能通过增加红细胞内的活性氧（ROS）水平促进血栓形成，表明这一代谢通路可能是潜在的治疗靶点。
总的来说，该研究通过大规模代谢组学和蛋白质组学研究，揭示了创伤后DVT的代谢异常，并开发了具有临床应用潜力的早期诊断工具。
