时光匆匆，旧的一年就这样在忙碌中结束了。
过去的一年中，西湖欧米同一批国内外高校、科研院所及医院密切合作，在肿瘤蛋白质组、血液蛋白质组、空间蛋白质组及古蛋白质组等领域发表了系列研究。
国外合作单位包括苏黎世大学、苏黎世联邦理工学院、多伦多大学、德国慕尼黑工业大学、德国弗莱堡大学、美国国立卫生研究院、伦敦大学学院考古研究所、哈佛医学院、苏黎世大学医院等；国内则包括复旦大学、南京大学、厦门大学、西湖大学、云南文物考古研究所、天津市呼吸疾病研究所、中国医学科学院北京协和医学院血液学研究所血液病医院、天津大学海河医院、浙江大学附属第二医院、杭州师范大学附属医院、浙江省人民医院、浙江大学附属邵逸夫医院、大连医科大学第二医院等。
新旧交替之际，适宜「温故」——今天我们来盘点西湖欧米2023年的合作论文及客户文章，回顾过去一年的点滴印记。
合作文章
1
● 题目：Multi-omics blood atlas reveals unique features of immune and platelet responses to SARS-CoV-2 Omicron breakthrough infection，多组学血液图谱揭示SARS-CoV-2奥密克戎突破性感染的独特免疫和血小板反应特征
● 期刊：Immunity, IF = 32.4
● 作者单位：中国医学科学院北京协和医学院血液学研究所血液病医院、西湖大学、西湖欧米、天津市第一中心医院器官移植中心、天津市呼吸疾病研究所、天津大学海河医院等
● 样本类型：来自SARS-CoV-2奥密克戎患者的超过1000个血细胞或血浆标本
● 技术方法：血浆蛋白质组和代谢组、血小板转录组和蛋白质组，单细胞组学，包括RNA测序、外周血单核细胞（PBMC）的B细胞受体测序（BCR-seq）和T细胞受体测序（TCR-seq）
● 文章概述：研究分析了 SARS-CoV-2奥密克戎患者 >1,000 份血细胞或血浆标本的临床表型组、转录组、蛋白质组、代谢组和免疫组库。使用深入整合的多组学，剖析了多个疾病阶段的宿主反应动力学以揭示血液中的分子和细胞景观。具体来说，在奥密克戎感染患者中检测到干扰素介导的血小板抗病毒特征增强，血小板优先与白细胞形成广泛的聚集体以调节免疫细胞功能。此外，病毒RNA再次检测呈阳性的患者，B细胞受体克隆、抗体产生和针对奥密克戎的中和能力明显降低。最后，研究者开发了一个机器学习模型，可以准确预测奥密克戎患者再阳性的概率。
文章链接：https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(23)00224-8?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1074761323002248%3Fshowall%3Dtrue
2
● 题目：Longitudinal proteomic investigation of COVID-19 vaccination，COVID-19疫苗接种的纵向蛋白质组学研究
● 期刊：Protein & Cell, IF = 21.1
● 作者单位：西湖大学 、杭州师范大学附属医院、浙江中医药大学、南京大学医学院附属医院南京鼓楼医院、南京大学、西湖欧米等
● 样本类型：血清
● 技术方法：TMT蛋白质组学
● 文章概述：尽管 COVID-19 疫苗的开发取得了显著的成功，但个体抗体随时间推移的异质性产生和下降尚不清楚，仍然难以预测。在这项研究中，收集了163 名参与者血样，参与者接下来每隔 28 天接受两剂灭活 COVID-19 疫苗 （CoronaVac®）。使用基于 TMT 的蛋白质组学，鉴定到 1,715 种血清和 7,342 种外周血单核细胞 （PBMC） 蛋白。研究使用机器学习在基线时提出了两组潜在的生物标志物（7 个来自血清，5 个来自 PBMC），并预测了疫苗接种后 57 天的个体血清阳性 （AUC = 0.87）。根据四种 PBMC 的潜在生物标志物，预测了抗体在接种疫苗后 180 天内的持久性 （AUC = 0.79）。本研究数据突出了特征性的血液宿主反应，包括淋巴细胞迁移调节改变、中性粒细胞脱颗粒和体液免疫反应。本研究提出了接种疫苗前潜在的血源性蛋白质生物标志物，用于预测 COVID-19 疫苗接种后异质性抗体的产生和下降，阐明免疫机制和个人加强针计划。
文章链接：https://academic.oup.com/proteincell/article/14/9/668/7027961?login=false
3
● 题目：Forager-farmer transition at the crossroads of East and Southeast Asia 4900 years ago，古蛋白质组学研究
● 期刊：Science Bulletin, IF =18.9
● 作者单位：兰州大学、西湖大学、云南文物考古研究所、伦敦大学学院考古研究所、大英博物馆亚洲部、西北大学、厦门大学、西湖欧米等
● 样本类型：人类和动物骨骼遗骸
● 技术方法：PulseDIA 蛋白质组学
● 文章概述：东亚农民的南扩通过引入谷类农业，深刻影响了东南亚的社会演变。然而由于经验证据有限，重点地区谷物扩张的时间和途径尚不清楚。本研究报告了大化石、微化石、多同位素 （C/N/Sr/O） 和古蛋白质组学数据，这些数据直接来自放射性碳测年人类样本，样本出土于云南中部兴义的一个遗址，其年代在 7000 至 3300 BP 之间。膳食同位素揭示了小米最早到达的日期约为 4900 a BP，并且表明在 3800 至 3300 BP 之间对植物和动物农业的依赖程度更高。狩猎采集者和农业群体之间的饮食差异在从其骨骼遗骸中分析的代谢和免疫系统蛋白质中也很明显。古蛋白质学分析的结果表明，人类在有耕作和不耕作的情况下具有不同的生物适应性。同位素、考古植物学数据和蛋白质组学的综合应用为记录主要生存转型期间的饮食和健康变化提供了一种新方法。
文章链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S2095927323007156
4
● 题目：Quantitative proteomic landscapes of primary and recurrent glioblastoma reveal a protumorigeneic role for FBXO2-dependent glioma-microenvironment interactions，原发性和复发性胶质母细胞瘤的定量蛋白质组学图谱揭示 FBXO2 依赖性胶质瘤-微环境相互作用的促肿瘤作用
● 期刊：Neuro-Oncology, IF = 15.9
作者单位：苏黎世大学、苏黎世大学医院、西湖大学、苏黎世联邦理工学院、德国杜塞尔多夫大学、德国癌症联盟、德国弗莱堡大学、德国慕尼黑工业大学、西湖欧米等
● 样本类型：细胞系、FFPE
● 技术方法：DIA 蛋白质组学
● 文章概述：最近的研究在基因组和转录组水平上描述了胶质母细胞瘤从初始诊断到治疗后复发的演变。然而，蛋白质组学景观的演变在很大程度上是未知的。研究发现 BCAS1、INF2 和 FBXO2 在复发时始终上调蛋白质，并使用免疫组织化学验证了这些变化。在人神经胶质瘤细胞中敲除 FBXO2 在原位异种移植小鼠模型中具有很强的生存获益，并减少了器官型脑切片培养物中的侵袭性生长。在胶质母细胞瘤患者样本中，FBXO2 表达在肿瘤浸润区富集，FBXO2 阳性癌细胞与突触信号转导过程相关。
文章链接：https://academic.oup.com/neuro-oncology/article-abstract/25/2/290/6634186?redirectedFrom=fulltext&login=false
5
● 题目：Population serum proteomics uncovers a prognostic protein classifier for metabolic syndrome，万例血清蛋白组预测代谢综合征风险
● 期刊：Cell Reports Medicine, IF = 14.3
● 作者单位：西湖大学、西湖欧米、浙江大学医学院附属第二医院、中山大学等
● 样本类型：血液
● 技术方法：DIA蛋白质组学
● 文章概述：该研究基于一个随访10年以上的社区队列人群建立了近2万例血清蛋白质组学数据库，并构建了机器学习模型前瞻性预测代谢综合征在10年内的患病风险。在这项研究中，研究者收集了来自3840名参与者，十年两次随访的7890个样本。研究者使用DIA-MS方法检测了约20,000个蛋白质数据中的400多个蛋白质。基于这个血清蛋白质组学库，研究者建立了一个机器学习模型用于预测在十年内发展为代谢综合征的风险。此外研究者还探索了与代谢综合征相关的新潜在生物标志物和通路，为代谢综合征的发病机制和靶向治疗提供了参考。
文章链接：https://www.cell.com/cell-reports-medicine/fulltext/S2666-3791(23)00325-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS2666379123003257%3Fshowall%3Dtrue
6
● 题目：Proteomic Dynamics of Breast Cancer Cell Lines Identifies Potential Therapeutic Protein Targets， 乳腺癌细胞系的蛋白质组学动力学确定了潜在的治疗性蛋白质靶点
● 期刊：Molecular & Cellular Proteomics, IF = 7.0
● 作者单位：西湖大学、多伦多大学、美国丹娜法伯癌症研究所、阿斯利康、美国国立卫生研究院、浙江省医学科学院、德国海德堡大学、哈佛医学院、多伦多大学、苏黎世联邦理工学院、西湖欧米等
● 样本类型：76 种人乳腺癌（BC）细胞系
● 技术方法：DIA 蛋白质组学
● 文章概述：乳腺癌 （BC） 的治疗和相关靶点仍然有限，尤其是三阴性 BC （TNBC）。研究者使用数据非依赖性采集 （DIA） 鉴定了 76 种人 BC 细胞系的 6091 种蛋白质。将蛋白质组学研究结果与先前的多组学数据集相结合，发现可以改善药物敏感性预测，并提供对作用机制的见解。研究分析了用EGFR/AKT/mTOR抑制剂处理的9个细胞系（5个TNBC和4个非TNBC）的蛋白质组学变化。在TNBC中，EGFR/mTOR抑制剂治疗后代谢通路失调，而RNA修饰和细胞周期通路受到AKT抑制剂的影响。这种系统的多组学和对BC细胞蛋白质组的深入分析可以帮助确定潜在治疗靶点的优先级，并为TNBC的适应性耐药性提供见解。
文章链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(23)00113-5/fulltext
7
● 题目：Proteome Landscapes of Human Hepatocellular Carcinoma and Intrahepatic Cholangiocarcinoma，人肝细胞癌和肝内胆管癌的蛋白质组分布
● 期刊：Molecular & Cellular Proteomics， IF = 7.0
● 作者单位：西湖大学、华中科技大学同济医学院协和医院、西湖欧米等
● 样本类型：肝癌组织样本
● 技术方法：DIA 蛋白质组学
● 文章概述：肝癌是全球癌症死亡的主要原因之一。特别是肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（CCA）已从肿瘤生物学方面进行了广泛的研究。然而，对HCC和CCA的分子特征仍然缺乏全面和系统的了解。研究者使用数据非依赖性采集DIA方法表征了 HCC 和 CCA 的蛋白质组景观。通过比较HCC和CCA的定量蛋白质组发现了两种癌症类型之间的一些差异，比如HCC中的脂质代谢异常，并在CCA中激活了细胞外基质相关途径。接着研究者开发了一种三蛋白分类器来区分 CCA 和 HCC，在 51 名患者的独立验证队列中实现了 0.92 的曲线下面积 （AUC），准确率为 90%。本研究中提出的HCC和CCA的不同分子特征为这两种主要原发性肝癌的肿瘤生物学提供了新的见解。
文章链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(23)00115-9/fulltext
8
● 题目：Identifying Patients With Rapid Progression From Hormone-Sensitive to Castration-Resistant Prostate Cancer: A Retrospective Study，识别从激素敏感型快速进展为去势抵抗性前列腺癌的患者：一项回顾性研究
● 期刊：Molecular & Cellular Proteomics， IF = 7.0
● 作者单位：大连医科大学第二医院、西湖大学、西湖欧米等
● 样本类型：激素敏感型前列腺癌活检组织
● 技术方法：PulseDIA 蛋白质组学
● 文章概述：前列腺癌 （PCa） 是男性第二大最普遍的恶性肿瘤，也是癌症相关死亡的第五大原因。一个关键的挑战是确定有从激素敏感型前列腺癌 （HSPC） 快速进展为致命性去势抵抗性前列腺癌 （CRPC） 风险的人群。研究收集了 78 个 HSPC 活检，并使用PCT-PulseDIA技术检测蛋白质组，共定量到7355 种蛋白质，共有 251 种蛋白质在长期或短期进展为 CRPC 的患者之间表现出差异表达。使用随机森林模型，我们鉴定了七种显著区分长期和短期进展患者的蛋白质。这些模型可以帮助临床医生预测患者的进展，指导个体化的临床管理和决策。
文章链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S153594762300124X
9
● 题目：Proteomics Investigation of Diverse Serological Patterns in COVID-19， COVID-19 中不同血清学模式的蛋白质组学研究
● 期刊：Molecular & Cellular Proteomics， IF = 7.0
● 作者单位：复旦大学、西湖大学、温州医科大学附属浙江省台州医院、西湖欧米等
● 样本类型：血清
● 技术方法：TMT蛋白质组学
● 文章概述：在本研究的 144 名 COVID-19 患者队列中，3.5% 的 IgM 和 IgG 均呈阴性，而 29.2% 的患者仅保持 IgM 阴性。其余患者表现出阳性的IgM和IgG表达，其中9.3%的患者在平台期表现出比其他患者的IgM滴度高20倍以上。在第二年接种疫苗后，所有这些人的IgG滴度都显著升高。为了研究潜在的分子机制，研究将患者分为四组，具有不同的血清学模式，并分析了2 年的临床指标。此外收集了 111 份血清样本用于基于 TMTpro 的纵向蛋白质组学分析，共鉴定到 1494 种蛋白质。研究发现，COVID-19 期间 IgM 和 IgG 的持续阴性表达与轻度炎症反应和高 T 细胞反应有关。血清 IgD 水平低、补体级联反应的补体 1 激活较差以及细胞免疫应答不足可能共同导致代偿性血清学应答，导致 IgM 过表达。血清转化过程中血清CD163与抗体滴度呈正相关。这项研究表明，血清学阴性的患者仍然会产生细胞免疫力来防御病毒，并且高滴度的 IgM 可能不利于 COVID-19 的恢复。
文章链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(23)00002-6/fulltext
客户文章
1
● 题目：Targeting MMP9 in CTNNB1 mutant hepatocellular carcinoma restores CD8+ T cell-mediated antitumour immunity and improves anti-PD-1 efficacy，多组学探索肝癌免疫治疗新策略
● 期刊：Gut, IF = 24.5
● 作者单位：湖北武汉同济医学院同济医院、复旦大学华山医院等
● 样本类型：人HCC活检组织，小鼠HCC组织，HEK 293T细胞系，Hepa1-6细胞系，小鼠原代CD8 T细胞等
● 技术方法：流式细胞术，转录组学，单细胞测序，TMT蛋白质组学，FACS，Elisa等
● 文章概述：基质金属蛋白酶9（MMP9）是一种锌依赖性内肽酶，能够降解明胶和胶原，实现组织重塑，促进肿瘤侵袭、转移和血管生成。高水平的MMP9与多种癌症类型的不良预后有关。然而，MMP9在原发性肝细胞癌HCC中调节TIME的机制仍需要进一步解读。该研究揭示了MMP9在CTNNB1突变型肝细胞癌中的关键作用，特别是通过调控免疫微环境和影响CD8+ T细胞的活性。研究人员提出MMP9可能是一个潜在的治疗靶点，并且其阻断可能提高PD-1抗体疗法的疗效。
文章链接：https://gut.bmj.com/content/early/2023/12/12/gutjnl-2023-331342
2
● 题目：An immunometabolism subtyping system identifies S100A9+ macrophage as an immune therapeutic target in colorectal cancer based on multiomics analysis，多组学研究发现结直肠癌免疫治疗新靶点
● 期刊：Cell Reports Medicine, IF = 14.3
● 作者单位：浙江大学医学院附属第一医院、耶鲁大学、德国癌症研究中心、慕尼黑大学、浙江大学医学院附属妇科医院、江苏大学、西湖大学等
● 样本类型：肿瘤组织，血浆
● 技术方法：TMT蛋白质组学、单细胞测序、转录组学，代谢组学
● 文章概述：肿瘤微环境 （TME） 中的免疫代谢及其对结直肠癌 （CRC） 免疫治疗反应的影响仍不确定。结直肠癌CRC的分子分型有助于更好地对具有不同肿瘤微环境TME特征的患者进行分层，并研究个性化治疗方法。该研究通过整合转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据引入了一个IMS系统，并确定了一种表现出最差预后的免疫耐受C3亚型。PD-1阻断剂和tasquinimod的多组学指导组合策略通过消耗体内S100A9+巨噬细胞来改善免疫治疗的反应。靶向S100A9+巨噬细胞和免疫检查点的联合策略可能为逆转某些特征性免疫代谢亚型CRC患者的免疫逃逸和提高免疫治疗疗效开辟了广阔的前景。
文章链接：https://www.cell.com/cell-reports-medicine/fulltext/S2666-3791(23)00093-9?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS2666379123000939%3Fshowall%3Dtrue
3
● 题目：Integrated transcriptomics, proteomics, and functional analysis to characterize the tissue-specific small extracellular vesicle network of breast cancer，乳腺癌组织特异性小细胞外囊泡蛋白组和转录组研究
● 期刊：MedComm, IF = 9.9
● 作者单位：浙江大学附属第二医院、浙江大学肿瘤中心、浙江大学医学院附属第四医院、湖北医科大学附属太和医院、浙江省人民医院、浙江大学附属邵逸夫医院、湖州长兴县人民医院等
● 样本类型：乳腺癌组织、正常乳腺组织和外周血标本，并从中收集了sEVs
● 技术方法：4D PulseDIA蛋白质组学，转录组学等
● 文章概述：小细胞外囊泡sEVs是一种直径小于200纳米的囊泡，通过交换由蛋白质、脂质和基因组成的生物分子货物，在介导细胞间通讯中发挥关键作用。以往研究主要集中在来自细胞培养模型或体液的sEVs，而该研究则强调了组织来源的sEVs的重要性，特别是在肿瘤组织中的差异。文章通过深入研究乳腺癌组织sEVs的转录组和蛋白质组，揭示了其在调控肿瘤微环境中的特定生物学功能，发现了与癌症关联的sEVs标志物，并证明了组织源性sEVs在免疫细胞和肿瘤细胞中具有更强的免疫刺激功能，同时提出了这些sEVs在乳腺癌早期诊断中的潜在临床应用。
文章链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mco2.433
4
● 题目：Spatial Proteomics Analysis of Soft and Stiff Regions in Human Acute Arterial Thrombus，人急性动脉血栓软硬区的空间蛋白质组学分析
● 期刊：Stroke， IF = 8.3
● 作者单位：暨南大学第一附属医院、慕尼黑大学医学研究学院、德国组织工程和再生医学研究所等
● 样本类型：心肌梗死患者12例，脑梗死患者13例，其中7例心肌梗死患者的冠状动脉血栓和11例脑梗死患者的颈动脉血栓进行空间蛋白质组学分析；2例脑梗死患者和5例心肌梗死患者的剩余血栓采用免疫组织化学染色进行验证；
● 技术方法：4D DIA空间蛋白质组学，免疫组织化学染色；
● 文章概述：血栓的结构和组成被认为是影响r-tPA（重组组织型纤溶酶原活性成分）溶栓和机械取栓效果的关键因素。组织学研究表明，血栓一般可分为两种类型的组织组成：富含纤维蛋白和血小板聚集的硬组织和富含红细胞的软组织。然而，关于人血栓中硬组织和软组织分子异质性知之甚少。研究采用基于激光捕获显微切割技术的空间蛋白质组学研究策略，对从心肌或脑梗死患者收集的2种动脉血栓的硬组织和软组织进行空间解剖，旨在寻找促进动脉溶栓的潜在新治疗靶点。结果证明了人动脉血栓硬组织和软组织蛋白质的空间不同组成，血栓的软组织域相比坚硬的部分往往更容易受到r-tPA介导的溶栓作用，也更容易通过血栓切除术去除，并表明 TGF-β1是促进动脉血栓溶解的关键治疗靶点。
文章链接：https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/STROKEAHA.123.042486
