文献目录
1 (Nat Med) 蛋白组学揭示「社会弱势」如何加速衰老并增加疾病风险
2 (Cell) 微生物组研究的临床转化挑战与迭代研究策略
3 (Nat Genet) PD-L1琥珀酰化调控及其在黑色素瘤免疫治疗中的作用
4 (Adv Sci (Weinh)) 高通量蛋白异构体成像揭示AD相关脑组织分子变化
5 (Nat Comm) MEDUSA Search：高分辨质谱数据解析与有机反应发现
6 (Nat Comm) Orbitrap Astral 提升血浆N-糖蛋白组学检测深度与通量
7 (Nat Comm) 基于皮肤类器官的EV-A71感染研究及潜在抑制剂筛选
8 (Cell Discov) 基于稀疏采样和深度学习的高通量空间蛋白质组学研究
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1. （Nat Med，IF：58.7）蛋白组学揭示「社会弱势」如何加速衰老并增加疾病风险
3月14日，伦敦大学学院（UCL）脑科学学院的研究团队在 Nature Medicine 发表了一篇重要的研究论文，系统探讨了社会弱势如何加速生物衰老并增加衰老相关疾病（ARDs）的风险。
基于多个大规模队列，研究发现社会弱势个体（如低教育水平、低社会经济地位）患66种衰老相关疾病的风险显著增加，尤其是在免疫、代谢、循环和神经退行性疾病中表现突出。这一关联部分由14种衰老相关蛋白介导，其中NF-κB/IL-8炎症通路在该过程中起关键作用。
此外，研究发现社会地位的改善可降低不利蛋白表达，而社会弱势的累积与蛋白水平和疾病风险之间存在剂量-反应关系。独立队列验证了这些发现，并排除了健康相关选择和遗传因素的主要影响，进一步支持了社会因果假设，即社会弱势通过生物学机制加速衰老。
研究强调了社会不平等在健康老龄化中的核心作用，并为未来的健康干预提供了潜在的生物学靶点。
2.（Cell，IF：45.5）微生物组研究的临床转化挑战与迭代研究策略
3月6日，以色列巴伊兰大学的研究人员在 Cell 发表了一篇前瞻性文章（Perspective），探讨了微生物组研究向临床转化的挑战，并提出一种迭代研究策略（Iterative strategy），结合大数据分析（多组学方法，包括宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学和代谢组学）与实验模型（体外、动物实验），推动因果机制的验证和微生物组疗法的开发。
文章强调从相关性研究向因果研究的转变，并回顾了人工微生物组疗法（如微生物联合体、噬菌体、精准益生菌等）在临床前和临床研究中的进展，同时指出动物模型的局限性及个性化治疗需求。
最终，文章强调通过整合传统微生物学与现代数据驱动方法，可加速微生物组疗法向临床应用的转化，为多种疾病提供新型治疗方案。
3.（Nat Genet，IF：31.7）PD-L1琥珀酰化调控及其在黑色素瘤免疫治疗中的作用
3月11日，中南大学湘雅医院皮肤科及中南大学生命科学学院的研究团队在 Nature Genetics 发文，通过空间转录组学、bulk RNA-seq和蛋白质组学分析，揭示了琥珀酰化（succinylation）在PD-L1稳定性及抗肿瘤免疫中的关键作用。
研究发现，琥珀酰辅酶A（succinyl-CoA）水平升高可促进PD-L1在Lys129位点的琥珀酰化，导致其通过内体-溶酶体通路降解，从而增强CD8+ T 的抗肿瘤活性。此外，CPT1A被鉴定为PD-L1的琥珀酰转移酶，其表达水平与抗PD-1疗效相关。
进一步研究显示，降脂药Bezafibrate（BEZ）可上调CPT1A，协同抗CTLA-4单抗抑制肿瘤生长，提出了一种新的免疫治疗策略。
本研究表明，PD-L1琥珀酰化及CPT1A可作为免疫治疗的潜在生物标志物和治疗靶点，为优化黑色素瘤免疫治疗提供了新思路。
4.（Adv Sci (Weinh)，IF：15.8）高通量蛋白异构体成像揭示AD相关脑组织分子变化
3月12日，中国科学院大连化学物理研究所张丽华团队在 Advanced Science 发文，研究建立了一种高通量蛋白异构体成像（HTPi）方法，结合MALDI MSI与区域特异性Top-down蛋白质组学，实现对组织切片中蛋白异构体的高分辨率成像和精准鉴定。
该方法成功揭示了小鼠大脑不同区域蛋白异构体的空间分布模式，并在阿尔茨海默症（AD）模型中发现14种与Aβ病理显著相关的差异蛋白异构体。
HTPi为研究脑组织的分子异质性和疾病机制提供了强有力的工具，并在生物标志物发现、疾病诊断等临床应用方面具有重要潜力。
5.（Nat Comm，IF：14.7）MEDUSA Search：高分辨质谱数据解析与有机反应发现
3月16日，俄罗斯科学院有机化学研究所的研究团队在 Nature Communications 发文，提出了一种基于机器学习（ML）的搜索引擎MEDUSA Search，用于分析超大规模（Tera-scale）高分辨质谱（HRMS）数据，以发现新化学反应。
MEDUSA Search结合同位素分布搜索算法和ML模型，实现了对存量实验数据的自动筛选与解析，从而降低实验需求，推动化学数据的再利用。研究借鉴了蛋白质组学和代谢组学等领域对HRMS数据的利用方式，成功发现多个新反应，包括Mizoroki-Heck反应中的heterocycle-vinyl coupling 过程，并通过实验验证了其可行性。
这一研究为数据驱动的有机化学发现提供了新范式，助力绿色可持续化学的发展。
6.（Nat Comm，IF：14.7）Orbitrap Astral提升血浆N-糖蛋白组学检测深度与通量
3月13日，荷兰乌得勒支大学的研究团队在 Nature Communications 发文，评估了Orbitrap Astral质谱仪在血浆N-糖蛋白组分析中的性能，并开发了窄窗口数据非依赖性采集（nGlycoDIA） 方法。
通过优化糖肽富集、LC梯度和碰撞能量，该方法 在40 min内鉴定出3000+糖肽，覆盖181种糖蛋白，较DDA方法提高 50%。此外，nGlycoDIA可检测低丰度糖基化蛋白（如细胞因子），并在10 min内完成高通量分析，为临床糖蛋白组学、疾病标志物筛选和精准医学提供了新的技术手段。
7.（Nat Comm，IF：14.7）基于皮肤类器官的EV-A71感染研究及潜在抑制剂筛选
3月13日，北京协和医学院和国家蛋白质科学中心（北京）的研究团队在 Nature Communications 发表研究，利用人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的皮肤类器官（hiPSC-SOs）作为EV-A71病毒感染模型，并结合蛋白质组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析病毒对不同皮肤细胞类型的影响。
研究发现EV-A71感染可导致细胞外基质（ECM）降解，特别是胶原蛋白代谢（COL1A1、COL1A2、COL3A1等）和弹性蛋白相关蛋白（LOX、EMILIN1）的下调，从而影响皮肤完整性并加速皮肤衰老。
此外，研究发现EV-A71通过Integrin/Hippo-YAP/TAZ信号通路激活表皮祖细胞的异常增殖，可能与肿瘤发生相关。基于蛋白质组学数据，研究团队确定HMGB1为病毒复制的重要调控因子，并筛选出其抑制剂NSC 167409，该药物可有效抑制病毒复制、减少炎症，并抑制异常细胞增殖，展现出良好的临床应用前景。
研究不仅揭示了EV-A71感染的关键分子机制，也证明了皮肤类器官作为感染模型的价值，为EV-A71的治疗提供了新的策略。
8.（Cell Discov，IF: 13）基于稀疏采样和深度学习的高通量空间蛋白质组学研究
3月11日，国家蛋白质科学中心（北京）的研究团队在 Cell Discovery 发表研究，提出了一种基于稀疏采样和深度学习的空间蛋白质组学方法（S4P），以高效、高分辨率地绘制全组织切片的蛋白质分布图谱。
S4P通过多角度微解剖和计算机重建，大幅减少质谱检测时间，同时显著提升蛋白质覆盖度，成功绘制了迄今为止最大规模的空间蛋白质组（覆盖9204种蛋白质），并揭示了 RNA 与蛋白质在空间分布上的不一致性。
该方法在神经科学、疾病研究及精准医学等领域具有广泛应用前景，为理解组织异质性和疾病机制提供了新的技术工具。
