PRM靶向蛋白质组学

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介绍

1. 技术原理

PRM(Parallel reaction monitoring)是一种基于高分辨质谱仪的靶向蛋白质组学定量策略,能够对目标蛋白、目标肽段(包括发生翻译后修饰的肽段)进行高选择性、高特异性、高重复性和高准确性检测,从而实现对目标蛋白/肽段的相对或绝对定量分析。

通过设定靶向方法让质谱仅采集设定好的肽段信息,无需额外进行其他肽段的数据采集。因此可以排除大量假阳性干扰,同时实现高定量准确度、高动态线性范围、高灵敏度,是蛋白质定量结果验证的理想途经。

PRM通过对目标肽段进行连续的二级谱图采集,可以得到目标肽段碎片离子的离子流图,通过计算和比较离子流图的峰面积,进而得到定量结果。MRM (Multiple Reaction Monitoring )是基于三重四级杆质谱仪的靶向蛋白质组学定量策略,PRM 由 Orbitrap 系列仪器实现,MRM 的定量思路与PRM类似。


图1.1 PRM示意图(Cui Y, He L, Yang CY, et al. iTRAQ and PRM-based quantitative proteomics in early recurrent spontaneous abortion: biomarkers discovery. Clin Proteomics. 2019 Oct 18;16:36. )

2. 技术优势

高认可度:质谱定量金标准;
高灵敏度:低至ppm级别的定量灵敏度;
高容量:可同时测定上百条肽段;

3. 技术流程

样本收集→酶解→DDA预实验→挑选目标肽段和蛋白→PRM/SRM数据采集→Skyline解析

4. 技术应用

关注蛋白的验证分析

质谱仪

MRM: Sciex TripleTOF 5600, Sciex 4500 MD

SRM: Thermo Scientific Altis

PRM: Thermo Scientific Q Exactive

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