行业动态
1 2024 HUPO大会（德国·德雷斯顿）注册开放中！
2 《高效液相色谱-四极杆电感耦合等离子体质谱联用法通则》发布
文献目录
3 （Nat Med）利用ROBO1 CAR T细胞靶向治疗复发性胶质母细胞瘤
4 （Nat Comm）上皮性卵巢癌的蛋白质组学景观
5 （Nat Comm）宏蛋白组学揭示黑暗海洋中微生物的营养相互作用
6 （Nat Comm）OmicScope 从定量蛋白质组学数据中揭示系统级见解
7 （Nat Comm）蛋白基因组网络分析揭示帕金森病的失调机制和潜在介质
8 （Allergy）质子泵抑制剂对嗜酸性食管炎蛋白质特征及治疗反应预测的影响
一起来看看上周的蛋白质组学精选优质文献吧！
1. 2024 HUPO大会（德国·德雷斯顿）注册开放中！
2024年HUPO大会将于2024年10月20-24日在德国德雷斯顿（Dresden）举行。目前网上注册通道仍处开放中，请密切关注。
今年HUPO大会的主要议题包括：生物信息学和 MS 分析中的人工智能方法、临床蛋白质组学（衰老、癌症、心血管、神经等）、细胞外囊泡、食品与环境生物学、糖蛋白组学、免疫与免疫肽组学、传染病、相互作用组/蛋白质网络、代谢与调控、微生物蛋白质组学及微生物组和宏蛋白质组学、多组学方法、大规模蛋白质组学新技术、药物/化学蛋白质组学、精准医学方法、细胞生物学中的蛋白质组学、信号转导和 PTMs、单细胞分析、空间和成像蛋白质组学、结构蛋白质组学、技术进步。
2. 《高效液相色谱-四极杆电感耦合等离子体质谱联用法通则》发布
近日，国家市场监督管理总局、国家标准化管理委员会发布了《高效液相色谱-四极杆电感耦合等离子体质谱联用法通则》。
文件确立了采用高效液相色谱-四极杆电感耦合等离子体质谱联用技术进行物质定性和定量分析的通用规则，适用于采用高效液相色谱-四极杆电感耦合等离子体质谱联用技术的定性和定量分析。
3.（Nat Med，IF:58.7）利用ROBO1 CAR T细胞靶向治疗复发性胶质母细胞瘤
8月2日，加拿大麦克马斯特大学和多伦多大学的研究人员在 Nature Medicine 发文，研究了胶质母细胞瘤（GBM）治复发的功能性驱动因素。
文章通过整合基因组、功能基因组、转录组和蛋白质组学分析，发现了PTP4A2和ROBO1在复发肿瘤中的关键作用，并开发了一种针对ROBO1的CAR T细胞疗法。蛋白质组学分析揭示了复发GBM中ROBO1信号通路的全局富集和依赖性。
该疗法在小鼠模型中显著延长了生存期，并在其他脑肿瘤模型中显示出强效的抗肿瘤活性，提出了利用ROBO1 CAR T细胞治疗复发GBM及其他侵袭性脑肿瘤的潜力。
4.（Nat Comm，IF: 14.7）上皮性卵巢癌的蛋白质组学景观
7月31日，西湖大学医学院郭天南团队，联合浙江省肿瘤医院郑智国、朱笕青，浙江大学华跃进团队，在 Nature Communications 上发表了卵巢癌蛋白组学新研究。西湖欧米负责该研究的部分生信分析和靶向蛋白质组工作。
文章通过对来自中国813名不同病理类型及治疗方案患者的卵巢组织及部分配对的血浆样本的蛋白质组学分析，共定量10,715种蛋白质，鉴定了2551种与上皮性卵巢癌（EOC）恶性程度相关的蛋白质，其中8种分泌性蛋白在血浆中被验证，可能作为潜在的良恶性鉴别的生物标志物。本研究也系统性地分析了五种常见EOC病理亚型间的显著差异蛋白质，挖掘病理变化背后的分子水平差异。
此外，该研究在术前采集血浆和手术切除组织中分别鉴定了与预后相关的多个蛋白质，通过具有临床转化价值的靶向蛋白质组组学（MRM）验证了他们的预后价值，并基于此建立了基于蛋白质特征的机器学习模型，用于预测辅助化疗后一年内复发风险，在国内外独立队列中验证了该模型的有效性。
5.（Nat Comm，IF: 14.7）宏蛋白组学揭示黑暗海洋中微生物的营养相互作用
7月30日，奥地利维也纳大学的研究人员及合作者在 Nature Communications 发表了海洋微生物的宏蛋白组学研究。
文章通过宏蛋白质组学分析揭示了深海（水深大于200米的 “黑暗海洋”）中海洋微生物蛋白质库的结构和功能，发现浮游动物蛋白质对深海群落宏蛋白质组的贡献远高于藻类蛋白质，且γ-变形菌（Gammaproteobacteria）在深海中具有高代谢活性并占主导地位。研究还表明硝化细菌（nitrifiers）的尿素酶表达与浮游动物尿素生产之间存在联系。
该研究探究了从颗粒有机物到溶解有机物池的蛋白质流动，揭示了微生物在海洋碳循环中的重要作用。
6.（Nat Comm，IF: 14.7）OmicScope 从定量蛋白质组学数据中揭示系统级见解
8月2日，巴西坎皮纳斯州立大学的研究团队在 Nature Communications 介绍了定量蛋白质组学数据分析的创新解决方案OmicScope。
OmicScope涵盖差异蛋白质组学、富集分析和荟萃分析，能够处理多种数据格式，并提供强大的数据可视化功能。该流程以Python 包的形式开发，包含三个主要组件：OmicScope、EnrichmentScope 和 Nebula
OmicScope结合了多种统计方法，支持静态和纵向实验设计，并通过Nebula模块进行多研究比较。OmicScope旨在简化蛋白质组学数据的分析流程，帮助研究人员解析复杂的生物学问题。
7.（Nat Comm，IF: 14.7）蛋白基因组网络分析揭示帕金森病的失调机制和潜在介质
7月31日，美国杨森研发公司（Janssen Research & Development）研究团队在 Nature Communications 发表了帕金森病的蛋白组学研究。
文章通过开发一个三阶段蛋白基因组分析框架（three-phase system-level proteogenomic analytical framework），利用英国生物样本库的蛋白质组数据，识别出与帕金森病相关通路的577种蛋白质，并重点研究了九种潜在病因蛋白质（如LGALS3等）。
结合遗传、蛋白质和蛋白质互作数据，研究揭示了帕金森病的失调机制和潜在治疗靶点，为理解帕金森病中的基因组-蛋白质组动态提供了新视角。
8.（Allergy，IF:12.6）质子泵抑制剂对嗜酸性食管炎蛋白质特征及治疗反应预测的影响
8月2日，西班牙马德里公主校立医院（Hospital Universitario de La Princesa）的研究团队在 Allergy 发文，研究了质子泵抑制剂（PPI）对嗜酸性食管炎（EoE）患者食管蛋白质特征的影响。
研究采用蛋白质组学方法，首次对使用 PPI 治疗的嗜酸性食管炎患者发炎的食管粘膜内发生的分子变化提供了一个更广阔的视角。研究发现，PPI治疗可以显著逆转EoE患者的蛋白质特征，恢复炎症和上皮屏障功能相关的蛋白质。
此外，研究识别了一组在治疗前即可预测PPI反应的蛋白质标志物，这些发现为EoE的个体化治疗和非侵入性生物标志物的发展提供了新的见解。
