介绍
TMT 蛋白质组学(Tandem mass tag)是由ThermoFisher Scientific公司研发的一种多肽体外等重同位素标记的相对与绝对定量技术。通过特异性标记多肽的氨基基团，经高分辨质谱仪串联分析，TMTpro 16plex 同位素标记试剂组可同时比较 16 个不同样品中蛋白质的相对含量，通过搭桥和批次效应处理可实现上百例样本间的蛋白质相对含量比较。TMT标记肽段通常采用 DDA (Data-Dependent Acquisition) 模式采集和可进行深度分级从而提高鉴定深度。
西湖欧米推出高深度的TMT 16/18plex定量蛋白质组业务，基于高分辨率质谱仪Orbitrap Exploris 480平台，支持TMT 30/15/10fraction高深度定量蛋白质组分析。
欧米服务
图1.1 TMTpro 16plex 同位素标签（Thompson A, Wölmer N, Koncarevic S, et al. TMTpro: Design, Synthesis, and Initial Evaluation of a Proline-Based Isobaric 16-Plex Tandem Mass Tag Reagent Set. Anal Chem. 2019 Dec 17;91(24):15941-15950. ）
图1.2 TMT定量流程图（Thompson A, Wölmer N, Koncarevic S, et al. TMTpro: Design, Synthesis, and Initial Evaluation of a Proline-Based Isobaric 16-Plex Tandem Mass Tag Reagent Set. Anal Chem. 2019 Dec 17;91(24):15941-15950.）
2. 技术优势
•高鉴定深度（组织蛋白定量1万左右，血浆血清单batch2500+左右）；
•高样本适应性（FFPE、新鲜组织、血液样本等）；
•高分临床队列研究经验 （Cell、Cell Discovery等）；
•高水平大队列设计、批次效应、数据分析能力。
3. 技术流程
样本收集 →蛋白提取→酶解→TMT标记→HPLC分级（可选多种分级）→质谱数据采集→搜库→生信
4. 技术应用
高深度蛋白质组学鉴定
质谱仪
Orbitrap Exploris 480
合作项目案例
1、Cell | TMT 高深度分级解析新冠患者不同器官组织 FFPE 样本中的蛋白组特征
FFPE 样本一直是十分重要的临床样本资源，但由于其样本量较少难以开展蛋白组学研究。该研究借助 PCT 微量样本前处理技术和 TMT 标记定量技术，在 19 名 COVID-19 患者和 56 名通过手术感染其他疾病的非 COVID-19 病例的 7 种不同器官组织的 218 个FFPE样本中，量化了 11394 种蛋白质。
2、Cell discovery | 血液样本高深度蛋白组学揭示新冠 omicron 变异株感染宿主的血液蛋白组特征
该研究借助深度分级 TMT 标记定量蛋白组学在 79 例血液样本中共定量到 1464 个蛋白质，缺失值过滤后还剩 1155 个蛋白，并对其中 751 种蛋白进行了功能分析，评估了受奥密克戎变异株感染的非重症患者的血液蛋白组特征，以及新冠疫苗接种对奥密克戎变异株感染发挥保护作用的分子特征。
参考文献
1. Li, et al, TMTpro reagents: a set of isobaric labeling mass tags enables simultaneous proteome-wide measurements across 16 samples. Nature Methods. 2020. (17): 399-404.
2. Shen, et al. Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera. Cell. 2020. 182(1): 59-72.
3. Nie, et al. Multi-organ Proteomic Landscape of COVID-19 Autopsies. Cell. 2021 Feb.184(3): 775-791.
4. Zhu, et al. Snapshot: Clinical proteomics. Cell. 2021.184(18): 4840-4840.
5. Bi, et al. Proteomic and metabolomic profiling of urine uncovers immune responses in COVID-19. Cell Reports. 2021. 38(3)
